Half-Life 2 (Resumen)
Tras aceptar la oferta de trabajo de G-Man, Gordon es congelado en el tiempo durante 20 años. Se creía que al acabar con Nihilanth, se cerrarían los portales que conectaban Xen con la Tierra, pero fue al contrario, se abrieron portales por todo el planeta Tierra, teletransportando gran parte de las criaturas de Xen. Los xenianos habían sido conquistados anteriormente por una raza híbrida llamada "El Imperio Combine" (o la Alianza, en su doblaje al español) que había conquistado otros muchos universos. Al acabar Gordon con Nihilanth (que estaba controlado por la Alianza) la Alianza manda un ejército a conquistar la Tierra. La Alianza derrotó a las fuerzas terrestres en la "Guerra de las Siete Horas", una masacre donde la Alianza tardó sólo 7 horas en derrotar a la Tierra. Tras ello, la Alianza nombra al antiguo director de Black Mesa, Dr. Wallace Breen, como administrador de la Tierra y se establece Ciudad 17 como su nueva sede. Cabe destacar, que la alianza elige al Dr. Breen como administrador porque conspiró junto ellos para generar la apertura del portal durante unos experimentos con materiales anómalos en el primer Half-Life. En diversas ciudades se erigen enormes torres a modo de fortalezas, llamadas ciudadelas, para protegerse de las criaturas salvajes de Xen. Durante los meses siguientes parte de los humanos son capturados y mutados y después reprogramados para formar parte del ejército de la Alianza, llamados "La Fuerza Transhumana". Otra parte de los humanos que no eran aptos para el grupo militar fueron convertidos en "cáscaras vacías", que responden al nombre Acechadores y fueron programados para servir a la Alianza. También otro grupo de humanos se alista voluntariamente como polícias para controlar a los humanos en busca de una vida mejor, se llaman Protección Civil. Al empezar la historia, G-Man saca a Gordon de su estado de hibernación y se despierta en Ciudad 17, donde un policía lo captura y justo cuando lo va a ejecutar, revela que es su viejo compañero de Black Mesa, Barney Calhoun (protagonista de Half-Life Blue Shift), que colabora junto a la Resistencia (grupo de humanos que se revelan contra la Alianza). Barney le dice que vaya al laboratorio del Dr. Kleiner (científico que trabajaba en Black Mesa). Gordon va por unos apartamentos pero Protección Civil lo captura, justo entonces Alyx Vance (hija de Eli Vance, científico que trabajaba en Black Mesa junto al Dr. Kleiner) y lo salva, y van al laboratorio. En el laboratorio teletransportan a Alyx Vance a Black Mesa Este, donde se encuentra el laboratorio de Eli Vance), pero al teletransportar a Gordon, el proceso falla, y acaba en Ciudad 17, donde ha de escapar para llegar hasta Black Mesa Este. Una vez allí, consigue la pistola gravitatoria, pero la Alianza bombardea el laboratorio y Gordon ha de escapar por Ravenholm, una ciudad abandonada infectada de zombies y parásitos de Xen y ha de llegar a la estación rebelde, y allí Alyx informa de que su padre ha sido capturado y lo llevan a la prisión de Nova Prospekt. Una vez allí Gordon acaba con las fuerzas de Nova Prospekt y descubre que la ayudante de Eli Vance, la Dra. Mossman, los traiciona. Más adelante, Gordon, Alyx, Barney, y la Resistencia hacen frente a las fuerzas de la Alianza en Ciudad 17. Gordon se infiltra en la base de la Alianza y consigue llegar al despacho del Dr. Breen, pero es capturado, junto a Alyx y a Eli. Ellos consiguen escapar gracias a que la Dra. Mossman traiciona al Dr. Breen y este escapa, más adelante, Gordon destruye el portal con el que el Dr. Breen iba a escapar, y también al Dr. Breen, pero justo cuando se acaba todo, una fuerte explosión que mataría a Gordon y Alyx, G-Man aparece y salva a Gordon y le dice que necesitará su ayuda de nuevo. Y así comienza Half-Life 2 Episodio 1.